Tým profesora Blahoše Maršálka z Botanického ústavu AV ČR, v. v. i.
Původním výzkumným zaměřením byly, a dosud jsou, všechny fotoautotrofní organismy tvořící fytoplanktonní i fytobentické společenstva. Nicméně díky ekotoxikologickému zaměření byla největší pozornost věnována druhům podílejícím se na tzv. vodním květu, a to zejména cyanobakteriím, tj. sinicím, jejichž nadměrný výskyt se díky produkci řady toxických látek negativně projevuje na kvalitě nejen koupacích vod, ale i vody pitné. Velká část výzkumu probíhala ve spolupráci s Centrem pro výzkum toxických látek v prostředí (RECETOX) při Masarykově univerzitě v Brně. Se začátkem této spolupráce v 90. letech minulého století je spojen také vznik dřívějšího občanského sdružení Flos Aquae, jehož cílem byla zejména osvěta a popularizace témat spojených s výskytem sinic a boje proti vodnímu květu pro širokou veřejnost, a založení společného pracoviště pod názvem Centrum pro cyanobakterie a jejich toxiny (CCT).